Seminar Bioinformatics I (2012)

BIOINF4110 - Seminar Bioinformatik I

Dozent

• Prof. Dr. Karsten Borgwardt

Betreuerteam

• Dr. Chloé-Agathe Azencott
• Prof. Dr. Karsten Borgwardt
• Dr. Aasa Feragen
• Dominik Grimm
• Barbara Rakitsch

Leistungspunkte: 4

Termin: Dienstag, 25.9 und Mittwoch, 26.9.2012 (gänztägig, Blockseminar)

Ort: Seminarraum, Untergeschoss, Paul-Ehrlich-Straße 5, Max-Planck-Campus Tübingen

Lehrform: Seminar

Qualifikationsziele/ Kompetenzen: Die Studierenden lernen Ausschnitte der aktuellen Forschung auf dem Gebiet der Bioinformatik kennen, anhand von aktuellen Artikeln aus den führenden Konferenzen ISMB und RECOMB. Sie können eigenständig wissenschaftlich recherchieren und ihre Ergebnisse zusammenfassen und präsentieren.

Modulinhalt

Schwerpunktmäßig werden die Themen Sequenzanalyse und Evolution bearbeitet. Kernthemen sind dabei Paarweises Alignment, BLAST and BLAT, Suffixbäume und deren Anwendungen, Sequenzassemblierung, Multiples Alignment, Pysikalisches Mapping, Hidden-Markov-Modelle und Gene Finding, Motivsuche, Supportvektormaschinen, Modelle für DNA-Evolution, Phylogenie, Syntenie, Phylogienen auf ganzen Genomen und Metagenomik. Die Vorlesung geht auf die Themen, die zum Teil im BSc?-Modul ‚Grundlagen der Bioinformatik‘ enthalten sind, vertieft ein und behandelt dabei insbesondere fortgeschrittene Techniken sowie forschungsbezogene Anwendungen. Projektarbeit zu forschungsbezogenen Themen ist in die Vorlesung eingebettet. Darüber hinaus ist in diesem Modul ein Seminar zu einem spezielleren Thema der Bioinformatik enthalten, das die Inhalte der Vorlesung erweitert und vertieft.

Anforderungen an die Teilnehmer

• Teilnahme an der verbindlichen Vorbesprechung (27.6)
• Zwei Besprechungen mit den Betreuer vor der Abgabe der Ausarbeitung
• Anfertigung einer schriftlichen Ausarbeitung zum Thema des Vortrags (5-10 Seiten exkl. Bibliographie im Latex Article-DINA4-Format, Deadline 18.9)
• Teilname an allen Seminarvorträgen an den besagten Seminartagen (25.9 und 26.9)
• Vorbereiten und Abhalten eines Vortrags im Rahmen des Seminars (30 Minuten plus Fragen)

Zeitlicher Ablauf